สำนักศาสนศึกษาวัดพญาภู เป็นสำนักศาสนศึกษาที่จัดการเรียนการสอนพระปริยัติธรรม แผนกธรรม-บาลี เพียงแห่งเดียวของคณะสงฆ์จังหวัดน่านได้กำเนิดขึ้นมาเพื่อมุ่งสร้างบุคลากรของพระพุทธศาสนาที่เป็นพระภิกษุสามเณรให้มีความรู้ความเข้าใจในหลักธรรมคำสอนของพระสัมมาสัมพุทธเจ้าอย่างถูกต้องแตกฉาน และสามารถนำไปใช้ในชีวิตประจำวัน

       สำนักศาสนศึกษา ได้เริ่มจัดตั้ง เมื่อปี พ.ศ. ๒๕๑๔ โดยการริเริ่มของพระชยานันท-มุนี (บุญชู ธมฺมสาโร) อดีต เจ้าคณะจังหวัดน่าน อดีตเจ้าอาวาสวัดพญาภู ได้เปิดสอนเฉพาะแผนกธรรมอย่างเดียว  จนถึงปี พ.ศ.๒๕๑๗ ได้เปิดสอนแผนกบาลีอีกแผนกหนึ่งควบคู่กับแผนกธรรม

       สาเหตุที่มีการเปิดสอนแผนกบาลีเพิ่มขึ้นนั้น  เดิมโรงเรียนพระปริยัติธรรมแผนกบาลีของคณะสงฆ์จังหวัดน่าน  ตั้งอยู่ที่วัดพระธาตุช้างค้ำวรวิหาร  อำเภอเมืองน่าน  จังหวัดน่าน  มาเป็นเวลาช้านาน  แต่ในระยะหลังทางสำนักศาสนศึกษาได้จัดตั้งโรงเรียนบาลีมัธยม และโรงเรียนราษฎร์ของวัดเพิ่มขึ้น  นักเรียนส่วนมากหันไปสนใจศึกษาวิชาสามัญมากขึ้นจึงทำให้การศึกษาพระปริยัติธรรมแผนกบาลีแผนเดิมไม่ได้รับความสนใจ  เป็นเหตุให้การศึกษาแผนกบาลีของคณะสงฆ์จังหวัดน่านในระหว่าง พ.ศ. ๒๕๐๗-๒๕๑๗ ไม่ประสบผลสำเร็จ  พระชยานันทมุนี ได้พิจารณาเห็นว่าควรจะมี การฟื้นฟูและปรับปรุงการศึกษาด้านปริยัติ จึงดำริจัดตั้งโรงเรียนปริยัติธรรมขึ้นที่วัดพญาภู เพื่อแยกออกจากโรงเรียนสามัญ ท่านได้พยายามหาครูผู้ทรงวุฒิมาดำเนินการสอนอยู่หลายปีก็ไม่สำเร็จผลเท่าที่ควร

       จนกระทั่งปี พ.ศ. ๒๕๑๘  จึงได้นิมนต์พระมหากานต์ สุปุญฺโญ ป.ธ.๗ (ปัจจุบันคือ พระราชคุณาภรณ์ รองเจ้าคณะจังหวัดน่าน วัดภูมินทร์) จากสำนักวัดเบญจมบพิตรดุสิตวนาราม กรุงเทพมหานคร  มาดำเนินการสอน  ในปีแรกนี้ได้มีนักเรียนแผนกบาลีจำนวน ๑๖ รูป ในจำนวน ๑๖ รูปนี้ ได้พักการศึกษากลางคันจำนวน ๒ รูป คงเหลือนักเรียนเข้าสอบบาลีไวยากรณ์ จำนวน ๑๔ รูป สอบไล่ได้ ๑๒ รูป สอบตก ๒ รูป ด้วยเหตุนี้ในปี พ.ศ.๒๕๑๙  จึงมีนักเรียนเข้าสอบบาลีสนามหลวงจำนวน ๑๒ รูป  และสอบไล่ได้จำนวน ๘ รูป  สอบตก ๔ รูป

       ต่อจากนั้นก็ได้พยายามแก้ไขปรับปรุงสิ่งที่บกพร่องให้ดีขึ้น  ทั้งแผนกธรรมและแผนกบาลี  ผลของการศึกษาก็นับว่าดีขึ้นเรื่อย ๆ และมีนักเรียนผู้สนใจมาสมัครเรียนมากขึ้นโดยลำดับ จนนักเรียนบางรูปไม่มีที่จะพำนักอาศัย ทางสำนักศาสนศึกษาจึงได้ขอความร่วมมือจากเจ้าอาวาสในเขตเทศบาลเมืองน่าน  ให้ช่วยอนุเคราะห์นักเรียนผู้ศึกษาบาลีและนักธรรมรับเข้าสังกัดวัด  ก็ได้รับความร่วมมือร่วมใจจากเจ้าอาวาสวัดต่างๆ  เป็นอย่างดี    ต่อมาเมื่อปี พ.ศ. ๒๕๒๖  สำนักศาสนศึกษาวัดพญาภู  ก็ได้รับการพิจารณาจากมหาเถรสมาคม ยกฐานะขึ้นเป็นสำนักเรียนตัวอย่างแห่งหนึ่งของคณะสงฆ์ไทย  ต่อมาในปี พ.ศ. ๒๕๓๒ ได้รับพระราชทานเสมาธรรมจักทองคำ  และเกียรติบัตรผู้ทำคุณประโยชน์ต่อพระพุทธศาสนาในด้านส่งเสริมการศึกษาพระพุทธศาสนา สาขาการศึกษาพระปริยัติธรรม จากสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี จึงนับว่าได้นำเกียรติประวัติการศึกษามาสู่วงการคณะสงฆ์ของจังหวัดน่านเป็นอย่างมาก

       สำนักศาสนศึกษาแห่งนี้ เปิดทำการเรียนการสอนต่อมาอย่างมีประสิทธิภาพ  จนผลการสอบบาลีสนามหลวง มีนักเรียนสอบผ่านร้อยละ ๙๐ กิตติศัพท์อันนี้ได้ขจรขจายไปทั่วประเทศ  ทำให้คณะสงฆ์และประชาชนได้รู้จักการศึกษาของคณะสงฆ์จังหวัดน่านมากขึ้น

       นับตั้งแต่ดำเนินการสอน แผนกบาลีมาเมื่อปี พ.ศ.๒๕๑๗ จนถึงปัจจุบัน มีนักเรียนสอบได้ทุกประโยคในปัจจุบันนี้ มีพระมหาเปรียญที่สอบได้ประโยค ป.ธ.๙ ได้แล้ว จำนวน  ๖ รูป กิจการของการศึกษาเล่าเรียนพระปริยัติธรรม แผนกธรรม แผนกบาลี เป็นส่วนที่สำคัญที่ทำให้วัดพญาภูได้รับพระมหากรุณาโปรดเกล้าฯ ยกฐานะของวัดพญาภูจากอารามราษฎร์ขึ้นเป็น พระอารามหลวงชั้นตรี  ชนิดสามัญ  เมื่อ วันที่ ๑๕  เดือน มกราคม  พ.ศ.๒๕๓๑  

       การจัดการเรียนการสอน หลักสูตรที่ทำการสอน คือ

       ๑. การศึกษาหลักของพระภิกษุสามเณร หลักสูตรนักธรรมและบาลี เปิดทำการเรียนการสอนตามที่คณะสงฆ์กำหนดไว้

      ๒. โครงการเสริมความรู้ให้กับพระภิกษุสามเณรตามที่กำหนดไว้ในกฎกระทรวงว่าด้วยสิทธิในการจัดการศึกษาขั้นพื้นฐานโดยสถาบันพระพุทธศาสนา พ.ศ. ๒๕๔๘ และโครงการคอมพิวเตอร์เพื่อการศึกษา  ซึ่งกำลังดำเนินการจัดหาคอมพิวเตอร์และสื่อต่าง ๆ

       สำหรับงบประมาณค่าใช้จ่ายในการบริหารการจัดการเรียนการสอน รวมทั้งค่าภัตตาหารและอุปกรณ์การเรียน ได้รับงบอุดหนุน  จากสำนักงานพระพุทธศาสนาแห่งชาติตามเกณฑ์การจัดสรรในแต่ละปีงบประมาณ และจากการบริจาคของพุทธศาสนิกชนทั่วไป